Институт располагает 5 научными полевыми экспериментальными стационарами в основных природно-климатических зонах Бурятии:
Байкальский эколого-гидробиологический стационар «Монахово»
Баргузинский лесоэкологический стационар «Ина»
Лесостепной мерзлотно-экологический стационар «Еравнинский»
Багдаринский экологический стационар «Багдарин»
Байкальский мониторинговый стационар «Горячинск»
